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En este trabajo se analizan los orígenes coloniales de las desigualdades económicas entre las regiones de Colombia. Se hace una revisión de los estudios más recientes en la tradición de la nueva historia institucional para tratar de entender cómo las instituciones coloniales llevaron a las enormes desigualdades territoriales que hoy se observan en los países americanos. Se presentan los aspectos más sobresalientes de la geografía física colombiana, ya que la geografía y las instituciones son consideradas como las bases últimas de las desigualdades económicas entre las regiones. Se realiza un sencillo análisis econométrico para relacionar los niveles de pobreza observados en las ciudades colombianas de más de 100.000 habitantes con una proxy de instituciones coloniales y una medida de características geográficas. En las reflexiones finales se discute una de las opciones más claras que tienen las regiones de un país que tienen una "mala historia colonial" para poder superar esa situación: la inversión en capital humano."