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En Colombia, los estudiantes pertenecientes a una etnia presentan un desempeño inferior al de sus pares no étnicos en los puntajes asociados a pruebas académicas estandarizadas, en las áreas de matemática y lenguaje. Dicha brecha es persistente a nivel departamental, especialmente entre los departamentos donde reside un alto porcentaje de población étnica. Utilizando información asociada a los resultados en la prueba SABER 11, este estudio encuentra una brecha en el desempeño académico de los estudiantes étnicos con los no étnicos y la descompone en factores relacionados con las características observables de los estudiantes, sus familias y su colegio, así como factores no observados. Para ello se utiliza la metodología propuesta por Blinder y Oaxaca, la cual se extiende al análisis de regresiones por cuantiles. Los resultados indican que en los departamentos donde la brecha académica es estadísticamente significativa, la mayor parte de esta es atribuible a factores no observables. Sin embargo, para distintos niveles de desempeño académico, el comportamiento de la misma y sus factores explicativos son diversos.