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La existencia de brechas salariales por género es un fenómeno que, al igual que en muchos otros países, está presente en el mercado laboral colombiano. Esas brechas no son homogéneas a través del territorio y ello justifica un análisis detallado de lo que ocurre en cada una de las regiones del país. Los resultados muestran diferenciales de salarios positivos a favor de los hombres en la mayoría de las ciudades principales. No todo este diferencial puede ser atribuido a la existencia de discriminación por cuanto existen factores que explican parte de la brecha salarial. Para ello se emplea la descomposición de Blinder-Oaxaca en el contexto de regresión por cuantiles. Los resultados de la aplicación de la metodología de BO sugieren que las brechas salariales no están explicadas por los atributos observables de los individuos. Dichas brechas son en su mayoría explicadas por el efecto de las diferencias en la remuneración a los atributos tales como la educación, y a elementos no observados. Por ciudades el estudio muestra patrones que revelan una mayor brecha salarial en las ciudades periféricas en contraposición a las de Bogotá, Cali, Medellín, Manizales y Pereira. Dado que el efecto remuneración comprende, entre otros, la posible existencia de discriminación por género, es importante que se le otorgue la debida atención a este resultado para efectos de la formulación de políticas de género.